Magali Guegan a débuté sa carrière au ministère de la santé, à la direction générale de la santé, où elle a occupé successivement entre 2006 et 2015 des postes de responsable juridique sur les produits de santé. En mai 2015, elle a rejoint le cabinet de Marisol Touraine, ministre des Affaires sociales et de la Santé, en tant que conseillère chargée des questions de société, des droits des usagers et des populations vulnérables. En mars 2017, elle a rejoint la sous-direction de la santé des populations et de la prévention des maladies chroniques en tant que sous-directrice adjointe puis est devenue en septembre 2020 directrice adjointe de la santé publique à l’Agence régionale de santé Ile-de-France. En février 2024, elle est devenue inspectrice à l’Inspection générale des affaires sociales.